Segue um simples script que acessa o Cpanel e cria um sub-dominio.
Esse script faz uso da biblioteca CURL que está disponível na maioria dos servidores PHP.

<?php

//Configurações
$dominio = 'dominio.com';
$usuario_cpanel = 'UsuarioDpCpanel';
$senha_cpanel = 'SenhaDoCpanel';
$tema = 'x3'; // o "skin" ou "tema" padrão do Cpanel é o "x3".
$criar_subdominio = 'teste'; //Sub-dominio a ser criado. Nesse caso criará o sub-domínio teste.dominio.com

$url = 'http://'.$usuario_cpanel.':'.$senha_cpanel.'@'.$dominio.':2082/frontend/'.$tema.'/subdomain/doadddomain.html?domain='.$criar_subdominio.'&rootdomain='.$dominio.'&dir=public_html%2F'.$criar_subdominio.'&go=Criar';
$ch = curl_init();
curl_setopt ($ch, CURLOPT_URL, $url);
curl_setopt ($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, 1);
curl_exec ($ch);
curl_close ($ch);

?>